Кафедра военно-морской хирургии была создана в 1938 году в составе военно-морского факультета при 1-ом Ленинградском медицинском институте (начальник кафедры – профессор Б.В.Пунин). 10 июля 1940г. на базе факультета была образована Военно-морская медицинская академия. Кафедру военно-морской хирургии продолжал возглавлять Б.В.Пунин, кафедру госпитальной хирургии – профессор В.Л.Теплиц.
В дальнейшем кафедру госпитальной хирургии возглавляли профессора А.В.Мельников и М.С.Лисицин, а с января 1943г. – главный хирург ВМФ Ю.Ю.Джанелидзе. После смерти Ю.Ю.Джанелидзе (1950) кафедру госпитальной хирургии возглавил профессор Е.В.Смирнов, кафедру военно- морской хирургии с 1956г. – профессор А.А.Бочаров.
В 1956г. Военно-морская медицинская академия соединена с Военно- медицинской академией им. С.М.Кирова. В 1961г. кафедра военно-морской хирургии и кафедра госпитальной хирургии объединены в кафедру военно- морской и госпитальной хирургии.
Начальниками кафедры были профессора Е.В.Смирнов (1961-1968), В.И.Петров (1968-1973), М.А.Лущицкий (1973-1986), И.Г.Перегудов (1986- 1989), В.В.Румянцев (1989-1992). Сотрудники кафедры изучали приемы совершенствования оказания квалифицированной и специализированной хирургической помощи на ВМФ, возможности длительного пребывания водолазов при сверхглубоких погружениях.
В различные годы воспитанники кафедры были главными хирургами Военно- Морского Флота СССР: Ю.Ю.Джанелидзе (1939-1950), М.А.Лущицкий (1967- 1973), М.В.Портной (1973-1986), Я.М.Ивануса (1986-1994), С.М.Рыбаков (1995-2003), А.Л.Левчук (2003-2007) и др.
Сотрудники кафедры традиционно принимали непосредственное участие в хирургическом обеспечении личного состава в экстремальных условиях в «горячих точках»: Н.В.Рухляда, Г.А.Макиенко, А.Н.Минченко – на Новой Земле; Н.С.Байков, С.И.Смирнов, В.А.Тарасов, И.П.Миннуллин, А.В.Коробко, В.С.Зенкин – в Антарктиде; В.В.Румянцев, Н.Н.Гурин, Н.В.Рухляда, Д.М.Суровикин, И.П.Миннуллин, Г.А.Макиенко, С.Ф.Багненко, К.К.Лежнев, С.А.Тетдоев – в Афганистане; О.Б.Порембский, С.Д.Попов – в Анголе; А.Д.Слобожанкин, П.Н.Цыбасов – в Северном Йемене, В.В.Симонов, А.И.Мариев, Р.И.Житнюк – на Кубе; В.С.Мжельский – в Сомали, Л.Н.Кулик в Сирии и Анголе; И.Г.Перегудов, В.В.Корхов – во Вьетнаме; А.Н.Липин, С.Ю.Бельянинов, А.В.Черныш, В.А.Логинов – в Чечне.
С 1992 по 2008гг. кафедру возглавлял профессор, Заслуженный деятель науки РФ Н.В.Рухляда. Николай Васильевич создал свою научную школу хирургов, под его руководством защищено 5 докторских и 16 кандидатских диссертаций. В настоящее время является профессором кафедры. В 1996г. изданы учебник «Военно-морская хирургия» и руководство для военно- морских хирургов «Неотложная хирургия». В 2004г. переиздан современный учебник «Военно-морская хирургия», а в 2006г. – «Неотложная хирургия».
С 2008 по 2010гг. начальником кафедры был доктор медицинских наук профессор А.М.Беляев, известный специалист в области абдоминальной онкологии. В настоящее время Алексей Михайлович возглавляет НИИ онкологии им. Н.Н.Петрова.
Начальником кафедры военно-морской и госпитальной хирургии в 2010 году назначен доктор медицинских наук профессор полковник медицинской службы М.Ю.Кабанов. Максим Юрьевич занимается вопросами хирургического лечения заболеваний гепатопанкреатодуоденальной зоны, онкологических заболеваний органов брюшной полости.
Научные исследования на кафедре проводятся по следующим направлениям: — военно-морская хирургия, — изучение патогенеза минно-взрывной травмы на ВМФ, — защита акванавтов при подводных взрывных поражениях, — лечение онкологических заболеваний желудочно-кишечного тракта, — разработка методов комбинированного лечения при злокачественных асцитах, — разработка альтернативных подходов к лечению острой кишечной непроходимости опухолевого генеза, — совершенствование методов лечения язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки с применением миниинвазивных методов и современной фармакотерапии, — использование миниинвазивных технологий и современной фармакотерапии в лечении острого и хронического панкреатитов, — хирургия желчевыводящих путей и поджелудочной железы, — хирургическая инфекция.
Кафедра заняла прочное место в системе военно-медицинского образования и совершенствования вопросов оказания хирургической помощи на флоте. В настоящее время научно-педагогический потенциал кафедры представлен 8 профессорами, 6 доцентами, 13 кандидатами медицинских наук. На кафедре трудятся заслуженный деятель науки РФ, четыре заслуженных врача РФ, два заслуженных работника высшей школы РФ, один заслуженный рационализатор РФ.
Клиническая база кафедры в городской больнице №14 существует более 50 лет. Плодотворное сотрудничество позволяет осуществлять перспективные научные исследования, обучение различных категорий слушателей, разрабатывать и применять современные методики диагностики и лечения больных. По результатам клинической и научной деятельности в больнице на кафедре было защищено 3 докторских (Гринев М.В., 1970; Уточкин А.П., 1992; Липин А.Н., 2009) и более 10 кандидатских диссертаций.
С 2000 года клиническую базу кафедры возглавляет Александр Николаевич Липин, доктор медицинских наук, профессор кафедры.